Attualmente si scende nella cripta da una scala in pietra ricavata presso la parete destra del transetto della cattedrale; si giunge coś sul lato destro della cripta, tra il pronao e l'inizio delle due navate.
Nel pronao o vestibolo troviamo
- le presunte tombe delle due imperatrici sveve,
- la porta di accesso al portico esterno
- donde un corridoio conduce ad una absidiola laterale.
Tornando nel pronao
- possiamo ammirare il colonnato che separa le due navate
- e le tre monofore che illuminavano l'aula;
- raggiungere poi il piccolo presbiterio,
- al centro del quale sorge l'altare
- che ha come dossale l'affresco del Cristo Pantocratore.
Nell'abside, dietro l'altare,
- troviamo un piccolo coro
- illuminato un tempo da due finestrelle strombate;
- sulla destra dell'abside è ricavato un arcosolio
- mentre sulla sinistra un arco longobardo porta in sacrestia.