Le volte delle navate sono state costruite con criteri architettonici diversi da quelli utilizzati per il prònao, che per gli studiosi è molto più antico.

Queste sono volte a mezze botti, riedificate con tale configurazione perché, forse, ritenute più robuste di quelle a crociera ( già esistenti nell'atrio di ingresso) per sostenere il carico della erigenda cattedrale superiore.

Un altro elemento non marginale che differenzia le crociere dell'ingresso (prònao) da queste volte a mezze botti  delle navate è la malta che cementa i conci.

In queste ultime è chiara e spesso non si distingue per colore dalle pietre utilizzate;
nel grazioso pronao la malta cementizia è invece scura e mette in risalto gli scardoni irregolari assemblati. La differenza di colore può tuttavia essere dovuta semplicemente a successivi e differenziati interventi di restauro.