Il Presbiterio è diviso dall'aula da una balaustra di marmo rosso screziato (rosso di Verona) simile al pavimento (del sec. XVIII), divisa in quattro settori, ognuno dei quali presenta due testine di Cherubini aggettanti, uno di spalle all'altro.

Bello l'altare maggiore, anche esso del XVIII secolo: presenta due Angeli capi-altare, a persona intera, reggi-fiaccole; il paliotto presenta due Angeli con Croce greca centrale; altri due angeli fanno corona al ciborio con porticina d'argento, che rappresenta Gesù che distribuisce il pane ai dodici apostoli. Diversi i marmi che lo compongono, dal verde Alpi, al giallo Siena, al rosso africano. Dietro il Presbiterio un bellissimo Coro in noce, datato 1699 con due file di stalli divisi da colonnine ‘striate’, con basi e capitelli corinzi: 24+1 sono dell'ordine superiore, 16+2 angolari dell'ordine inferiore. Lo stallo centrale destinato all'abate-guardiano era sormontato dal ritratto del francescano ganganelli, eletto Papa col nome di Clemente XIV il 19/5/1766. Secondo le cronache, il coro era simile a quello della Cattedrale del 1650, ordinato dal Vescovo mons. Ascanio Cassiano e andato distrutto il 1916. Interessante anche l'iscrizione che si rileva sulla cimasa dell'ordine superiore:
ANTE DEUM STANTES NE SITIS CORDE VACANTES SI COR NON ORAT INVANUM LINGUA LABORAT ANNO DOMINI 1699 OPUS HOC FUIT COMPLETUM SOLI DEO HONOR ET GLORIA AMEN AMEN.

La Cantoria è di oro zecchino su smalto verde, sormontata dallo stemma dell'Ordine francescano, con corona imperiale e due canestri di fiori, sostenuti da quattro angeli con trombe. Sembra che sia stato scolpito nel 1766 da Tommaso Porziotta (lo stesso scultore del tronetto vescovile della Cattedrale, andato distrutto).

Una ricca ed artistica balaustra di marmo divide la chiesa dal presbiterio, nel quale è appunto collocato il magnifico altare maggiore di marmo pregevolissimo e ricco di lapislazzuli. È evidente che stilisticamente la detta balaustra di marmo bianco e africano (alta cm. 86 e lunga cm. 655) è stata costruita in ambito napoletano nella seconda metà del XVIII secolo. Ho ritrovato a proposito di questa balaustra solo un riferimento indiretto in un altro atto notarile, recuperato in archivio del 1793 in cui si fa riferimento alla costruzione di una balaustra marmorea nella chiesa di S. Sebastiano in Andria, e l’artista contattato, Andrea Scala, s’impegna a realizzarla sull’esempio di quella di S. Francesco: «… essa balaustrata larga oncie tre, e l’altezza di esso gradino oncie otto, cioè sei l’altezza del sottogrado di bordiglia, e due il bastone; nella suddetta imboccatura vi deve cadere un altro gradino, tutto di marmo bianco di altezza di oncie quattro con fiaccola, o sia smocciatura simile a quella della balagustrata di questo convento di S. Francesco». Questa costituisce un’importante data che ci fa intuire l’esistenza della balaustra di S. Francesco già prima del 1793. Essa, come l’altare, è in marmo policromo intagliato ed intarsiato ed è divisa in quattro settori, due a destra e due a sinistra del cancello centrale in ferro e ognuno di esso presenta due testine di cherubini lievemente aggettanti nel gioco delle volute, uno di spalle all’altro. Questa balaustra come manifattura è contemporanea all’altare e opera di quello stesso omonimo autore artefice di tutto l’intero complesso marmoreo.