In fondo alle due navate laterali di questo magnifico Tempio si aprono due spaziosissime scale, che menano alla Cappella del Crocifisso ... Le due gradinate scendono dritte ed in una sola rampa, framezzata ciascuna da un pianerottolo. Questi pianerottoli per mezzo di due porte rivestite anche di marmo, menano per tre gradini dentro la Cappella, detta del Crocifisso. Questa Cappella forma un tempietto, medio tra la volta del Coro, che sta al primo piano, e la volta della Cripta o Soccorpo della Beatissima Vergine, messo al terzo piano. È sostenuto da quattro grossi pilastri di pietra, dipinti di non mediocri affreschi; come pure di eguali affreschi sono panneggiatio i muri all'intorno.

Gli affreschi ... attribuiti in passato alla bottega di Marco Pino da Siena, ... sono stati invece riconosciuti dal prof. Vincenzo Pugliese come opera di Andrea Bordone, l'artista romano attivo in Puglia tra il 1596 e il 1629; l'Abbate ha attribuito gli stessi affreschi ad un pittore conoscitore dell'ambiente romano e del cavalier d'Arpino. La committenza della Cappella, se si può logicamente attribuire ai Duchi Carafa, ci può far pensare alla sapiente 'regia', all'ispirazione teologica del benedettino Valeriano di Franco, fratello di quel Giovanni di Franco, autore catanese della prima opera storica sul santuario andriese, risalente al 1606. ... La competenza teologica del di Franco, che appare nella descrizione della basilica, può aver ispirato le dotte citazioni della Cappella della Crocifissione, che ci rimandano alla 'Città di Dio' di sant'Agostino.