
Nel passaggio fra la navata e la zona presbiteriale si osserva una esedra divisa in tre fornici.
Sotto la cupola absidale, domina il baldacchino con la Madonna su un altare di marmi policromi, ambedue realizzati dall'opificio Ruggero Izzo di Napoli.
Nella lunetta superiore che raccorda gli archi alla volta è affrescato, al centro il miracolo avvenuto nella pentecoste del 1598 [nel martedì successivo la festività, il 12 maggio 1598]. Il dipinto fu realizzato nel terzo centenario (1898) dal pittore foggiano Raffaele Affaitato.
Si noti nella parte destra lo sfondo della città di Andria con i quattro campanili più alti: da sinistra, San Domenico, San Francesco, Trinità (demolito con la chiesa nel 1937) e Cattedrale; a sinistra la gente che accorre da ogni luogo per attingere l'acqua miracolosa.

[Presbiterio - particolari dell'affresco nella lunetta absidale - foto Sabino Di Tommaso, 2003]
L'affresco centrale mostra il particolare della bimba che, appena estratta miracolosamente illesa dalla cisterna ove era caduta, racconta ai soccorritori, accorsi dopo tre giorni alle sue invocazioni d'aiuto finalmente udite, come la Signora raffigurata nel dipinto l'avesse amabilmente tenuta con sé sino al loro arrivo.
[tratto dal libro "Zodiaco di Maria..." di Serafino Montorio, edito nel 1715 a Napoli, pp. 570-572]
L'affresco di sinistra mostra invece il particolare del popolo accorso sul luogo del prodigio per attingere l'acqua..
[tratto da "Miracolo, ed invenzione della Immagine della Santissima Vergine dell’Alto Mare" in "Storia della Città di Andria, dalla sua origine sino al corrente anno 1841" di Riccardo D'Urso, edito nel 1842 a Napoli dalla tipografia Varana, pp. 141-142]
Infine l'affresco di destra mostra il particolare del vescovo che con la curia si reca sul luogo del prodigio.
Tale stupendo prodigio avveniva il Martedì di Pentecoste dell’anno del Signore 1598. Tutti portaronsi alle loro case l’acqua benedetta dalla celeste Signora apparsa in quelle acque: dalle vicine e lontane città ne venivano a prendere anche con barili: in breve tempo la Cisterna rimase vuota. Allora Monsignore D. Vincenzo Bassi, Vescovo di Andria, fece aprire a fianco della Cisterna, nel masso, una grande scala, che è quella tuttora esistente a un lato della Chiesa, per la quale scesi nella Cisterna, fu trovata realmente l’Immagine veneranda di Maria SS., la quale, come scorgevasi dalla segnatura lasciata dall'acqua sul muro, perché era a fior d’acqua, sembrava come fosse in alto mare, donde il suo speciale titolo di Maria SS. di Altomare.
[tratto dall'opuscolo "Maria SS. dell'Altomare" di Mons. Di Gioia Riccardo, edito nel 1938 a Molfetta per i tipi della Scuola Tip. per sordomuti "Apicella"]
[il testo e le immagini della pagina sono di Sabino Di Tommaso (se non diversamente indicato)]