In un precedente lavoro sulla chiesa (Zito 1999, p.79 e segg.) si è già dimostrato che l’impianto della chiesa superiore, costruita prima della venuta dei benedettini, è tipicamente medievale, a tre navate senza transetto e con cappelle terminali, ciò vuol dire che sotto l’aspetto strutturale corrisponde alla situazione attuale. Diversa sarebbe stata la situazione all’interno dell’edificio dove i benedettini avrebbero adattato la chiesa a tre navate esistente, ereditata dalla confraternita, al tipo della chiesa ad una navata con cappelle laterali trasformando, è solo un’ipotesi, le navate laterali in cappelle. Che l’intento dei benedettini sia stato quello di porre in particolare rilievo la navata centrale rispetto alle navate laterali si desume da un’attenta lettura del di Franco e per almeno due motivi. Per prima cosa si noti come lo stesso scrive «La nave poi di detta chiesa superiore (…)», invece di scrivere “la nave centrale o principale”, come sarebbe dovuto essere se la chiesa avesse denunciato apertamente una struttura a tre navate. Evidentemente il di Franco aveva sotto gli occhi una chiesa a navata unica o nella quale la navata centrale obliterava letteralmente quelle laterali, ridotte al rango di semplici “ale”. A conferma di quanto sopra si osservi la descrizione delle scale che portano alla chiesa superiore, che sono composte «di cinquanta scalini indiritto per ciascuna, e cinque nelle lor parti superiori di rimpetto l’una a l’altra, dove si terminano dette scale nel piano della Chiesa maggior di sopra avante l’altare del santissimo Sacramento» (di Franco 1606, p.4).
Risulta evidente, quindi, che le scale non erano rettilinee, come sono ora, ma avevano forma di “L” terminando con gli ultimi cinque gradini nella navata centrale, davanti l’altare. Da questi particolari si comprende come l’attenzione dei fedeli era stata concentrata nella navata centrale, dalla quale bisognava necessariamente passare per scendere nella chiesa inferiore. Ne consegue che le navate laterali, che certamente esistevano, come denuncia anche la struttura muraria, erano state messe in secondo piano, anche se non è ben chiaro come. Forse le navate laterali erano state trasformate nelle “cappelle” citate nella relazione mediante la costruzione di setti murari secondo il tipo della chiesa dei SS. Severino e Sossio di Napoli, dalla quale provenivano i benedettini di Andria(19). Questa sarebbe una soluzione “estrema”, che si pone in contrasto con la facciata, pensata per un edificio a tre navate. O forse la separazione tra le “cappelle” era stata resa più diafana con dei varchi aperti nei setti, come nella chiesa di S. Gaetano a Bitonto (20), quasi coeva con la basilica di Andria. Oppure, ancora, le navate laterali erano rimaste aperte e libere e le “cappelle” delimitate semplicemente da balaustre. Comunque sia, bisogna dire che tutto questo è di secondaria importanza. Quello che risulta evidente è che la navata centrale era quella che dominava la chiesa e dalla quale partivano le scale per scendere nella chiesa inferiore e che all’epoca ancora non esistevano le cappelle laterali esterne del Crocifisso e di S. Benedetto ...

Agli inizi del ’700 il santuario doveva avere ancora un aspetto rinascimentale medievaleggiante, con le pareti affrescate e le superfici lapidee dipinte, così come riferisce il Pacichelli in occasione del suo terzo viaggio in Puglia nel 1686 e com’è riscontrabile dai saggi effettuati e dai risultati delle demolizioni effettuate a partire dal 1911.
Con l’affermarsi anche in Puglia dei modelli artistici del barocco, al quale successivamente fu data ingiustamente un’accezione negativa, anche per il nostro santuario fu avviato un programma di interventi volti ad adeguare l’edificio religioso al nuovo gusto estetico.